学院现开设六个本科专业：临床医学、护理学、医学检验技术、药学、中药学、康复治疗学； 十一个专科专业：临床医学、口腔医学、护理、助产、药学、医学检验技术、卫生检验与检疫技术、中药学、康复治疗技术、针灸推拿、医学影像技术。

其中临床医学和护理学被财政部列为高职高专提升专业服务产业发展能力建设专业；临床医学、护理、中药学和医学检验技术教学团队被评为省级教学团队；护理、助产、医学检验技术专业被评为省级特色专业；基础护理学、病理学、人体解剖学、细胞生物学与医学遗传学被评为省级精品课程。学院教学仪器设备总值5200万元，建有网络检体诊断室、护理实训室、数码互动显微镜室、口腔实训室等89个现代化医学实验室及信息技术实验室；成立了平凉市皇甫谧研究院、平凉市崆峒学研究院、平凉市崆峒养生文化研究会、平凉市皇甫谧陇药研究院、甘肃医学院中医药研究中心5个市级研究机构；校图书馆馆藏图书89.7万册，各类中外文期刊816种。依托现代数字技术，学院还构建了完善的文献资源、网络视频教学、电子阅览等网络公共服务平台。