古代

巴楚，是巴尔楚克的简称。《西域图志》作巴尔楚克，《西陲要略》作巴里楚克。据《西域同文志》释：“巴尔楚克，全有也。地饶水草，故名。”维吾尔语称作玛热勒巴什，旧有玛喇巴什、毛拉巴什等不同译名，意为鹿首。

三国、北魏时属龟兹，隋时属疏勒。唐代为安西都护府下属的尉头州。元代属别失八里行尚书省，明代属东察合台汗国，后属准噶尔。

清乾隆二十六年（1761年）设叶尔羌办事大臣，巴楚归叶尔羌管辖，是阿克苏与叶尔羌、喀什噶尔间的军事、交通重镇。清光绪三年冬（1877年）清军刘锦棠率部平定阿古柏之乱，驻扎在巴尔楚克。乾隆年间设军台，称巴尔楚克台，为叶尔羌到阿克苏十六军台之一。道光十二年（1832年）筑玛拉巴什城。

近代

清光绪九年（1883年）置玛喇巴什直隶厅，属喀什噶尔道。光绪二十九年（1903年）直隶厅改设为州，称巴楚州，隶莎车府，下辖八大庄。1913年改设巴楚县，属喀什噶尔道，1929年属喀什行政区。1943年属喀什督察专区。

现代

1949年后，先后属喀什专区、南疆行政区。1956年复改喀什专区，1978年后属喀什地区。1999年，巴楚县辖4镇、8乡：巴楚镇、阿瓦提镇、色力布亚镇、三岔口镇、英吾斯塘乡、琼库尔恰克乡、阿克萨克马热勒乡、夏马勒乡、多来提巴格乡、阿拉格尔乡、阿纳库勒乡、恰尔巴格乡。